Tokio, cerca del final de la Segunda Guerra Mundial en el Pacífico. Mahito, un niño de 11 años, pierde a su madre en un incendio y se refugia con su padre en el pueblo natal de su madre. Se mudan a una vieja mansión en una gran fi nca, que también incluye una torre aislada y que se ha convertido en lugar de anidamiento de una garza real. Mahito se debate entre sus complejos sentimientos hacia su padre, que dirige una fábrica de suministros de guerra, y su nueva madrastra, Natsuko, que resulta ser la hermana pequeña de su madre.

Para empeorar las cosas, se siente alienado en la escuela. A Mahito le contaron que la torre fue construida por el tío abuelo de su madre, que acabó desapareciendo en su interior para no volver a ser visto. Un día, Natsuko desaparece repentinamente, por lo que Mahito se aventura en la torre para buscarla. Guiado por la garza gris, acaba embarcándose involuntariamente en una odisea hacia otro mundo. Mahito se encuentra en un extraño reino en el que conviven los vivos y los muertos. A medida que se encuentra con sus asombrosos habitantes, llega a conocer los secretos del mundo.